Bioinformatics for Evolutionary Biologists

Name: Bioinformatics for Evolutionary Biologists
Brand: Springer, Berlin, Springer, Springer International Publishing
SKU: 90299265
Price: 69.54 EUR
Availability: InStock
ISBN: 3319673947

A Problems Approach (Sprache: Englisch)

Autoren: Bernhard Haubold , Angelika Börsch-Haubold

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Produktdetails

Produktbeschreibung
Inhaltsverzeichnis
Video
Autorenporträt
Biblio. Angaben / Produktdetails

Produktinformationen zu „Bioinformatics for Evolutionary Biologists “

Klappentext zu „Bioinformatics for Evolutionary Biologists “

This self-contained textbook covers fundamental aspects of sequence analysis in evolutionary biology, including sequence alignment, phylogeny reconstruction, and coalescent simulation. It addresses these aspects through a series of over 400 computer problems, ranging from elementary to research level to enable learning by doing. Students solve the problems in the same computational environment used for decades in science - the UNIX command line. This is available on all three major operating systems for PCs: Microsoft Windows, Mac-OSX, and Linux. To learn using this powerful system, students analyze sample sequence data by applying generic tools, bioinformatics software, and over 40 programs specifically written for this course. The solutions for all problems are included, making the book ideal for self-study. Problems are grouped into sections headed by an introduction and a list of new concepts and programs. By using practical computing to explore evolutionary concepts and sequence data, the book enables readers to tackle their own computational problems.

Inhaltsverzeichnis zu „Bioinformatics for Evolutionary Biologists “

Part I UNIX.- 1 Getting Started.- 2 Files.- 3 Scripts. Part II Optimal Alignment.- 4 Sequence Evolution.-and Alignment.- 5 Amino Acid Substitution Matrices.- 6 Protein Evolution.- 7 The Number of Possible Alignments.- 8 Dot Plots.- 9 From Dot Plot to Alignment.- 10 Optimal Global Alignment.- 11 Age of the Adh/Adh-dup Gene Duplication in Drosophila.- 12 Optimal and Simplified Local Alignment.- Part III Exact Matching.- Classical Methods.- 14 Suffix Trees.- 16 Text Compression.- Part IV Fast Alignment.-17 Shotgun Sequencing.- 18 Fast Global Alignment.- 19 Fast Local Alignment.- 20 Statistics of Local Alignments.- 21 Clustering of the M. genitalium Proteome.- 22 Position-Dependent Amino Acid Score Matrix: PSI-BLAST.- 23 Optimal Multiple Sequence Alignment.- 24 Heuristic Multiple Sequence Alignment.- Part V Phylogeny.- 26 Rooted Phylogeny.- 27 Unrooted Phylogeny.- Part VI Coalescent.-28 Ancestors.- 29 The Wright-Fisher Model.- 30 The Coalescent.- 31 The Coalescent with Recombinati
on.- Part VII Answers.- References

Autoren-Porträt von Bernhard Haubold, Angelika Börsch-Haubold

Bernhard Haubold studied Natural Sciences at Cambridge University, UK and completed his DPhil in Bacterial opulation Genetics at Oxford University, UK in 1998. After training as a Post-Doc at the Max-Planck-Institute for Chemical Ecology in Jena, Germany he worked in the biotech industry before taking on a professorship in Bioinformatics at the University of Applied Sciences, Weihenstephan, Germany in 2003. In 2008, he moved to his current post as a researcher at the Max-Planck-Institute for Evolutionary Biology in Plön, Germany. He also teaches Bioinformatics at Lübeck University. Together with Thomas Wiehe he is the author of Introduction to Computational Biology, An Evolutionary Approach, which was published by Birkhäuser in 2006. Angelika Börsch-Haubold studied Pharmacy at Freiburg University, Germany and Pharmacology at Cambridge University, UK. She completed her DPhil in Pharmacology at Oxford University, UK in 1997, prior to remaining at Oxford for a junior research fellowship. From 2005 to 2008, she taught various courses at the University of Applied Sciences, Weihenstephan, Germany. From 2008 to 2014 she worked as a researcher at the Max-Planck-Institute for Evolutionary Biology in Plön, Germany. She has contributed teaching material to Science in School and was involved in translating the fifth edition of The Molecular Biology of the Cell into German.

Bibliographische Angaben

Autoren: Bernhard Haubold , Angelika Börsch-Haubold
2018, 1st ed. 2017., xiii, 318 Seiten, 100 Schwarz-Weiß-Abbildungen, Maße: 16 x 24,1 cm, Gebunden, Englisch
Verlag: Springer, Berlin
ISBN-10: 3319673947
ISBN-13: 9783319673943
Erscheinungsdatum: 31.01.2018

Sprache:

Englisch

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