Rekonstruktion von Phylogenien

Unter Phylogenie versteht man die Entwicklung von Stämmen undverwandtschaftlichen Beziehungen zwischen Gruppen von Organismen.So kann die wahrscheinlichste Verwandtschaft unterschiedlicherOrganismen anhand von strukturellen Merkmalen ihrer Genomeermittelt werden. Im Rahmen dieser Arbeit wurden zwei Algorithmenfür die Rekonstruktion solcher Phylogenien mit Hilfe von Gengruppenentwickelt und implementiert. Die Verwendung von Gaps in Gengruppenermöglicht dabei die Nutzung von Chromosomen mit unbekannten Genen.Als Grundlage dient zum einen der Algorithmus von Fitch und zumanderen die Zerlegung einer Topologie in Quadrupel. In beidenAlgorithmen werden die Bäume anhand von Gengruppeneigenschaftengewichtet, um die wahrscheinlichste Phylogenie der Genome zuidentifizieren. Ein Vorteil der Algorithmen gegenüber etabliertenMethoden besteht in der Unabhängigkeit bezüglich evolutionärerVorgänge, die auf ein Genom gewirkt haben, da keine Annahmen überdiese getroffen werden. Beide Algorithmen wurden an zufälliggenerierten Datensätzen getestet. Die Ergebnisse zeigen, dassGengruppen für die Phylogenierekonstruktion gut geeignetsind.